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Ex83 搬砖
前面我们介绍完了算表面吸附，以及过渡态的一些基本的操作，和注意事项。当我们面对一个新的课题时，就需要运用所学到的这些技能来完成所必需的计算，来验证我们的想法，思路等。后面几节，主要...
Zero9月前ExA15 Ubuntu下p4vasp与Python3不兼容的解决办法
伴随着Python2的落幕，Python3的兴起，很多基于2的软件也面临着着要么被遗忘，要么主动拥抱Python3的选择。其中就有我们最喜欢的p4vasp。https://gith...
Zero9月前Ex82 nebmake.pl 的坑（二）
前面一节，我们讲解了对于扩散这一类反应中，nebmake.pl这个命令生成IMAGES时候的一个坑。通过学习，要了解到一些脚本或者程序本身存在一些缺陷，我们在使用的时候，要避免盲目...
Zero9月前Ex81 使用ASE批量切金属稳定的表面
最近整理材料，发现遗落在角落里的一个python脚本（cssm.py），可以批量切常见金属稳定表面的slab模型。 cssm.py 是：cleave_stabl...
Zero9月前ASE转换文件到POSCAR格式
被批评公众号长草了，简单介绍一下ASE转换文件的小技巧，顺便锄下草。顺利学会下面操作的前提: 1) 已经在自己电脑上安装好了ASE。 2) 电脑里面有POSCARtoo...
Zero9月前Ex80 nebmake.pl 的坑（一）
算过渡态，光知道检查虚频是不对的。如果算出来虚频多，很大程度是因为你的NEB初始结构有问题，也就是说你的过渡态路径背后的物理化学意义不是那么地理想。而对于NEB的初始结构，大部分人...
Zero9月前Ex 79 过渡态结构的确认
前面几节，我们从gamma点到3x3x1计算过渡态。首先复习一下计算的流程： 1） 我们计算的是金属表面上H原子的扩散； 2） 使用gamma点计算的时候，slab固定...
Zero9月前ASE的安装
什么是ASE？ ASE 是Atomic Simulation Environment的简称。详细的介绍大家可以浏览官网：https://wiki.fysik.dtu.dk/a...
Zero9月前Ex78 过渡态任务的提交与查看（二）
前面一节我们通过粗糙的方法演示了一遍怎么在超算上跑过渡态的NEB计算。一般来说，通过这一步我们可以大体上确定这个基元反应中的路径是不是靠谱的了。不论你得到一个粗糙的NEB能量曲线：...
Zero9月前A12 通过job-ID快速进入计算目录
通过job-ID快速进入计算目录，可以有效地避免狂输cd命令，提高我们的计算效率。本节我们通过在国科智算超算中心的演示，介绍一个Slurm任务管理系统，保存任务ID，计算目录，并快...
Zero9月前国科智算提交VASP任务
国科智算提交VASP任务 今天QQ群里，有人问怎么在国科智算的超算中心提交VASP的任务。本着一言不合就写教程的态度，这一节我们就看下VASP的任务是怎么提交的。提交任务的脚...
Zero9月前Ex77 过渡态任务的提交与查看（一）
前面的准备工作完成了，INCAR，KPOINTS，POSCAR（IMAGES）， POTCAR也检查完了。剩下的就是准备脚本提交文件了。本节主要是在天河II号超算中心上给...
Zero9月前